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技術(shù)文章
更新時(shí)間：2022-05-30
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截至目前，葡萄牙、比利時(shí)、美國、荷蘭、意大利、西班牙、法國等多國的研究團(tuán)隊(duì)發(fā)布猴痘病毒基因測序報(bào)告，根據(jù)測序報(bào)告和進(jìn)化樹對比，表明猴痘可能已經(jīng)在歐洲發(fā)生了大規(guī)模的社區(qū)傳播。
各國猴痘基因組測序情況匯總?cè)缦聢D：
| 報(bào)告時(shí)間 | 國家 | 測序平臺 | 測序方法 | 平均測序深度 | 結(jié)果 |
5月19日 | 葡萄牙 | Oxford Nanopore MinION | NQ法宏基因組測序 | 7倍 | 基因進(jìn)化樹分析草案顯示，分離出來的病毒與2018年和2019年從尼日利亞傳播到英國、以色列和新加坡的病毒有密切關(guān)系 |
5月23日 | 葡萄牙 | Illumina | 高通量NQ法宏基因組測序法 | 201倍(平均) | 這次多國猴痘暴發(fā)很可能只有一個源頭，迄今為止公布的所有BD基因序列都緊緊聚集在一個分支上(美國公布的病毒基因組序列(MPXV_USA_2022_MA001)相比較) |
| 5月19日 | 德國 | Illumina | 該菌株分類為西非分支，與最近來自歐洲和美國的菌株相關(guān) | ||
5月20日 | 比利時(shí) | Oxford Nanopore MinION | 非靶向宏基因組 | 18.9倍 | 比利時(shí)猴痘病毒基因組（ITM_MPX_1）也屬于猴痘病毒的西非分支，與最近上傳的葡萄牙疫情基因組關(guān)系最為密切 |
| 5月20日 | 美國 | Oxford Nanopore MinION | 僅僅公布猴痘患者所攜帶病毒的基因測序結(jié)果 | ||
5月26日 | 荷蘭 | Oxford Nanopore MinION | 10倍 | 病毒在進(jìn)化樹上與此前葡萄牙團(tuán)隊(duì)公布的基因組樣本極為相似，與關(guān)系最為密切的一份葡萄牙樣本相比，只出現(xiàn)了2個單核苷酸多樣性位點(diǎn)(SNP s) | |
5月27日 | 意大利 | Illumina | 19倍 | 獲得的基因組屬于MPXV的西非分支，與最近從葡萄牙疫情上傳的基因組關(guān)系最為密切，這進(jìn)一步證明了歐洲的大規(guī)模社區(qū)傳播 | |
5月27日 | 西班牙 | Illumina | 77倍 | 該病毒基因組同屬猴痘病毒西非進(jìn)化支，與關(guān)系最密切的葡萄牙一支序列相比，單核苷酸多樣性位點(diǎn)(SNPs)小于4個，與德國序列相比，單核苷酸多樣性位點(diǎn)(SNPs)為2個 | |
5月28日 | 法國 | Illumina | 宏基因組下一代測序 | 950倍 | 相較于2018年在英國發(fā)現(xiàn)的猴痘病毒基因，這四份病毒基因樣本出現(xiàn)了46個單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)((SNPs)和3個缺失 |
上述的測序結(jié)果都表明：本輪猴痘疫情爆發(fā)極有可能來自一個源頭，都屬于西非分支；同時(shí)，猴痘在歐洲已經(jīng)出現(xiàn)大規(guī)模社區(qū)傳播。
目前多個國家通過社交應(yīng)用程序、社交媒體醫(yī)療服務(wù)機(jī)構(gòu)等多種渠道提醒，大規(guī)模社區(qū)傳播需引起警覺。
北京百奧創(chuàng)新科技有限公司提供基因測序服務(wù)，助力猴痘病毒基因組測序，歡迎咨詢。
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